Nel gennaio del 2014 il Comune di Comacchio ha bandito un concorso di idee per il “Progetto dell’allestimento del nuovo museo nel Settecentesco Ospedale degli Infermi”. L’incarico prevedeva l’allestimento degli spazi espositivi e delle aree accessorie del museo, da collocare nelle sale al piano terra, al piano primo ed al piano ammezzato dell’ex Ospedale San Camillo di Comacchio, la sistemazione degli spazi esterni di pertinenza dell’edificio e l’adeguamento dell’impiantistica esistente.
Il progetto, che rappresenta un organico sviluppo dell’idea proposta dal gruppo vincitore in fase di concorso, ha cercato di rispondere in modo appropriato alle principali problematiche poste dall'insediamento di un struttura museale complessa all’interno di un edificio di grande importanza storica e urbanistica come l’ex Ospedale degli Infermi “San Camillo.
Il filo conduttore che attraversa tutto il “racconto” dell'allestimento, legandone in un insieme organico le diverse parti, è il tema dell'acqua. Acqua come elemento che più di ogni altro caratterizzata il territorio, il suo paesaggio, la sua storia, le sue attività economiche, le sue modalità insediative, fino ad ospitarne e custodirne per secoli le testimonianze più importanti. Ma anche acqua come suggestione visiva e sonora, come “forma” liquida che si insinua liberamente negli spazi, definendone limiti e geometria.
A partire da queste considerazioni, l'acqua non solo caratterizza idealmente le diverse sezioni tematiche e i contenuti scientifici dell'allestimento proposto, ma si rende direttamente percepibile ai visitatori, attraverso diversi accorgimenti  simbolici, anche nello spazio fisico delle sale espositive.